早在1956、1957年，毛泽东与刘少奇、周恩来在关于国家经济建设的诸多问题上就有严重分歧，邓拓在不知不觉中被扯进党内高层领导之间的斗争。
当时邓拓是《人民日报》总编辑，少奇同志要求《人民日报》发表社论，既不要左倾盲动，也不要右倾保守。按照少奇的意思，主要是反左反冒进。很明白，毛主席是不同意发表这样的文章的，所以邓拓夹在中间很为难。社论大样送到毛主席那里，毛主席批了一句：我不看了！这么重要的社论都是要经过毛主席批准才发表的，毛主席批了个我不看了，意思很明显，就是不同意社论的观点。
面对毛主席退回来的社论大样，邓拓陷入冥思苦想。发了吧，毛主席不同意；不发吧，少奇和周总理那边又没法交代。想来想去，最后还是决定发表这篇社论。他书生气十足，原来社论是4号字，他改成了5号字，想着字小一点，可以避免特别引人注意。其实这无济于事。因为这件事，毛主席对邓拓很不满意，批评他是“书生办报”。
毛主席还说过邓拓是“死人办报”，那是在反右时期。毛主席要钓大鱼，让《人民日报》刊登一些批评我们党和国家的比较尖锐的文章，不加任何按语就登出来。邓拓认为党的机关报这样登不妥，就在这些文章上加上了按语。这样做不符合钓大鱼的思想了，所以毛主席说邓拓是“死人办报”。
有了毛主席的这两句话，邓拓没法再在《人民日报》干下去了。邓拓跟不上毛主席的路线和做法，他也理解不了，最后总编辑给撤了，邓拓本人也要求辞职。
1965年底、1966年初，邓拓被作为“三家村反党集团”成员之一开始遭到猛烈批判，并停止了北京市委书记处书记的工作。此后，他一直呆在家里期待着有一天能向党说清楚自己的创作思路、写作意图。
1966年4月的一天，市委机关忽然来了几个人，没有跟邓拓做任何解释，就把“大参考”全部都收走了，还说以后不再送“大参考”给邓拓了。邓拓有点激动，说希望今后还能看到“大参考”，来人也不理会他，拎着那些“大参考”就走。邓拓跟在他们身后还在说：能不能继续把“大参考”给我一份。那些人走了以后，邓拓一直坐在书房里，一句话也不说。
一本“大参考”，在许多人眼里它不过是党的高级干部的一种待遇，但处在全国上下批判“三家村反党集团”的声浪中，邓拓把这本“大参考”当成是一种象征，一种党仍然信任他认可他的象征。他在极度的孤独和痛苦中抓住这根救命的稻草挣扎着、希冀着。现在这个象征不复存在了……
5月16日，戚本禹在《人民日报》发表文章，说已查明邓拓是叛徒，不管邓拓背后的支持者是谁，都要一挖到底。在党报上刊登这样一篇文章，对邓拓是致命的一击。他觉得党彻底不信任他了，他只能以死来证明自己的清白、他的忠诚。
1966年5月18日，对邓拓一家来说是最黑暗的一天。夫人丁一岚回忆：
我们家三间房，我和邓拓分开住。第二天早上，我去他房间，发现他已经去世了，全身都凉了。那时候，他有很多病，身体很不好，经常写东西，手出汗很多，写东西他总用一块手绢擦汗。那天我拿到他这块手绢，手绢都是湿的，他当时写遗书时，心里有多么难过！邓拓临死之前，放在桌上一个信封，里面装的好像稿纸，上面写着让我立即把这个东西销毁。我急急忙忙连剪带撕地弄碎，扔到厕所里用水冲掉。我后来想来想去，销毁的这个东西可能是他遗书的底稿。你说我怎么就那么马虎，没有看一眼就销毁了呢？我一直为这件事责备自己。
每年5月18日，丁一岚都给邓拓写一封信，告诉他这一年里她和孩子们的情况，他们夫妻谈着的那些家常话。然后，她划着一根火柴，把信点燃……
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